Nonostante i molti studi e le continue ricerche condotte sia in Eritrea che in Italia alcuni aspetti del passato della ferrovia rimangono avvolti nella nebbia e per certi versi costituiscono dei veri misteri che con il passare del tempo sono purtroppo destinati a rimanere senza soluzione.

Alcuni di questi riguardano semplicemente la assenza di fotografie o materiale documentale a loro riguardo, mentre altri si propongono come veri e propri enigmi a causa delle diverse e contraddittorie versioni, sulla loro natura o esistenza, raccolte attraverso lo studio dei documenti o le interviste agli ora anziani protagonisti di un tempo.